Съемки длились 56 смен. Начались 30 июня в Москве и завершились в середине сентября 2015 года.

Для режиссера Эмилиса Веливиса «Ночные стражи» — первая российская картина.

Первоначальное название фильма — «Крылья».

Несколько сцен сняты в московском метро на станциях: «Воробьевы горы», «Спортивная», «Парк культуры», «Курская».

Декорация «База «Н» — фантазия художника, оператора и режиссера — были построена за полтора месяца в павильоне площадью 1400 кв метров.

Одной из самых сложных как в изготовлении, так и в работе стала декорация «Зеркальная комната», где проходят допросы нечисти. Она была полностью выполнена из зеркал и стекол. Специально для декорации были заказаны зеркала-шпионы (с одной стороны — прозрачные, с другой — как обычные). Для оператора, снимавшего с наружной стороны комнаты, было изготовлено зеркало с титановым наполнением. В целях безопасности вся «Зеркальная комната» была сделана из каленого стекла.